Неясно какой флаг - структуру, или пункт появления игрока... Если первое - кнопкой удаления структуры, если в второй - в аналагичном меню с положениями игроков.
Какая именно структура? Некоторые вообще не могут быть захвачены, такие как супероружия и некоторые другие спец. здания. Всё остальное может либо заниматься солдатами, либо захватываться инженером, за исключением нескольких зданий.